吉祥航空的前身为东部快线航空，2005年4月由均瑶集团筹办，2006年初曾更名为“凤凰航空”[3]，3月23日正式成立。2006年6月14日，经民航总局批准，定名为吉祥航空，同年9月取得《公共航空运输企业经营许可证》《航空承运人运行合格证》。2006年9月25日，吉祥航空首條航線，上海-長沙正式啟航[4]。2010年9月，吉祥航空航线经营范围由国内扩大至港澳地区及周边国家

[5]。

2016年，吉祥航空在南京禄口国际机场设立第二基地[6]。

2018年11月12日中国东方航空股份控股股東東航集團旗下東方航空產業投資，擬出資不超過31.54億元人民幣，認購吉祥航空(603885.SH)不超過1.69億股A股。是次非公開發行股票完成後，若按發行上限計算，東航產投將持有吉祥航空約8.6%的股份

2019年8月29日，東航完成向吉祥香港發行H股，以及東航產投協議受讓吉祥航空7％的存量股份，加上最新的定增後，東航集團合計持有吉祥航空15％的股份。同年10月27日，吉祥航空正式转场大兴国际机场运营。[7]同年11月20日，美国波音民用飞机集团同吉祥航空在西雅图举行隆重仪式，共同庆祝中国民航业直接购买的第100架波音787。[8]

2021年2月，吉祥航空宣布旗下上海吉祥航空物流有限公司与东方航空信息部签署合作协议，双方将围绕IFS智慧物流系统，开展物流与技术合作。[9]